Aqui está o problema.
Digamos que você esteja executando o PHP-7.1 como exemplo.
Quando o PHP é manipulado pelo libapache2-mod-php7.1, as configurações do php_value no .htaccess são tratadas por este módulo.
Quando o PHP é tratado pelo FPM, então todo o PHP é proxied / encaminhado do Apache para o FPM + O Apache não tem mais manipulador para php_value.
A simples correção é mover todas as configurações php_value para fora do .htaccess em um arquivo chamado .user.ini no mesmo diretório que seus arquivos .htaccess.
Existe uma diferença principal entre o processo do arquivo .htaccess + .user.ini.
Os arquivos .htaccess são lidos a cada solicitação.
Os arquivos .user.ini são lidos apenas uma vez.
Isso significa que qualquer alteração em qualquer arquivo .user.ini requer o FPM.
Bouncing - stop + restart ... então ...
service php7.1-fpm restart