Eu investiguei isso um pouco mais e o problema parece ser semelhante ao da pergunta:
Quando eu carreguei o Seahorse e tentei criar um novo chaveiro, recebi a mesma mensagem de erro 'nenhuma dessas coleções secretas no caminho'. Parece que as informações do chaveiro devem ser armazenadas na pasta ~/.local/share/keyrings
; no entanto, no meu caso, isso era na verdade um arquivo em vez de uma pasta e cheio de algum lixo inútil. Então, eu renomeiei o arquivo; criei a pasta keyrings com as permissões corretas; e parece estar funcionando bem agora.