Você tem algumas alternativas:
Enquipe o registro para o codificador lame (ou qualquer codificador de sua escolha):
por exemplo:
arecord -v -f cd -t raw | lame -r -b 192 - output.mp3
Use o ffmpeg:
ffmpeg -f alsa -ac 2 -ar 44100 -ab 160k -i pulse -acodec libmp3lame OUTPUT.mp3
Use o utilitário "rec" do Sox:
rec -c 2 myFile.mp3
Mais exemplos para dar uma olhada: link