A união é algo que pode ser feito. Parece que você está usando o tema Numix GTK, que de fato remove as bordas dos ícones. Você pode usar o unity-tweak-tool para alternar de volta para outro tema GTK (como o Ambiance), se quiser recuperá-los.
Por alguns dias, meu Unity no Ubuntu 14.04 tem agido de forma estranha.
As bordas do ícone no lançador desapareceram e os indicadores também estão agindo de forma estranha (blocos em vez de setas). Tudo isso é independente do tema icon / GTK / window em uso.
Eu já reiniciei o Unity usando este tutorial, mas sem sucesso.
Aqui está uma foto do que está acontecendo:
Eu honestamente não faço ideia do que pode estar causando isso. A única coisa que sei é que aconteceu há alguns dias quando desliguei meu laptop após uma falha na transferência de arquivos que não tinha absolutamente nada a ver com o Unity ou com o próprio SO.
A união é algo que pode ser feito. Parece que você está usando o tema Numix GTK, que de fato remove as bordas dos ícones. Você pode usar o unity-tweak-tool para alternar de volta para outro tema GTK (como o Ambiance), se quiser recuperá-los.