Algo como rsync -a --remove-source-files src/ dest ? Um teste simples mostra que qualquer coisa existente em dest , mas não em src , será preservada. (Observe a barra após src . É necessário aqui.)
Levando a preservação um pouco mais longe, você pode adicionar --ignore-existing para que os arquivos em dest não sejam sobrescritos, mesmo que eles também existam em src . Mas você pode ficar com arquivos em src , pois --remove-source-files se aplica apenas aos arquivos transferidos com êxito para o destino.
De um modo geral, rsync é uma ferramenta muito poderosa com inúmeras opções. (E, proporcionalmente, um pouco de curva de aprendizado ... embora o caso aqui seja bastante direto, parece.) Se alguém pensou em um cenário de cópia antes que haja uma chance decente, ele é coberto em rsync .