Você pode fazer isso usando as versões GNU de find e mv assim:
find . -mindepth 2 -maxdepth 2 -type f -execdir mv -vt ./folder/. {} +
Onde restringimos find para procurar arquivos regulares com 2 níveis de profundidade e, em seguida, usando a opção -execdir para mover o (s) arquivo (s) selecionado (s) para o subdiretório folder que é adjacente ao arquivo selecionado ).