Até onde sei, a série TI AM335x usada no beaglebone tem apenas uma saída de exibição paralela, então provavelmente há algum chip conversor hdmi na placa. Os registros para configuração de exibição estão bem documentados no manual de referência . Há também documentos adicionais, como notas de aplicativos, para ajudá-lo.
Mas eu não entendo porque você precisa disso. Se a sua matriz de LEDs tiver uma entrada HDMI, você deverá ser capaz de conduzi-la como qualquer outro monitor HDMI. Se isso não acontecer (nos dê mais informações!), O HDMI provavelmente não é a interface que você deseja usar para dirigi-lo. Nesse caso, fale sobre essa matriz de LEDs e descobriremos se o seu projeto está no tópico aqui.