Tenha dois scripts. Um que gerencia a codificação dos seus vídeos e um para o upload. Use um diretório de spool onde você coloca um arquivo (symlink se apenas o próprio vídeo for necessário ou use um arquivo de texto se precisar armazenar mais informações) quando a codificação estiver completa.
O script de upload deve verificar a cada n segundos se houver novos arquivos para carregar no diretório de spool. Após o upload bem-sucedido, o script de upload remove o arquivo do diretório de spool.
Gere o script de upload do seu script principal / de codificação. Você pode matar o script de descarga com segurança depois que todos os arquivos foram enviados com sucesso (o diretório de spool está vazio; o diretório não vazio significa que o upload ainda não foi concluído / teve êxito).