Eu suspeito que você tenha um problema de indexação.
Respostas:
- Configurar para 0 iria quebrar a configuração onde os grupos não são a base que você especificou.
- Especifica quantos níveis abaixo da base esses grupos podem existir.
- Não, se todos os seus grupos puderem ser encontrados na base. Se você tiver grupos abaixo do nível superior, eles não serão informados. Isso não deve ser um problema para uma configuração simples do AD.