Pelo menos no Debian, existe um pacote adjtimex que você pode instalar, o que lhe dá um comando que fará o kernel syscall para você (com alguns dos campos)
Mas o adjtimex não é usado para acertar o relógio. Em vez disso, ele muda como rápido o relógio é executado (semelhante a tickadj ). Se você quiser ajustar o relógio - diga ao sistema qual é a hora atual - date -s faz isso.
Se você tiver uma conexão de rede, considere usar ntp para acertar o relógio e mantê-lo exato.