Dado que você tem um arquivo flatpakref para ele no seu computador, você provavelmente o instalou via flatpak em vez de apt / dpkg. Você poderia tentar isso:
flatpak uninstall org.gnome.Builder
Eu instalei o novo gnome-builder há um tempo (na verdade, alguém fez por mim) e não preciso mais dele. Mas ao tentar desinstalar por meio de linha de comando ou sináptico, aparece como o programa não está instalado; mas eu posso abrir normalmente. Como posso desinstalar?
Algumas fotos para mais informações:
Tente reinstalar o pacote e depois desinstalar. Se isso não funcionar, basta excluir os binários e o arquivo da área de trabalho, talvez seja necessário examinar o pacote que instala o construtor. O binário pode estar em /usr/local/bin
se o construtor foi instalado como pacote de origem.
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