A lista dont_scan_dirs é uma lista de directories para pular ao procurar por arquivos efi . A exclusão de um diretório não parece excluir a árvore inteira nesse ponto. Diretórios sob um excluído ainda são pesquisados, apenas efi arquivos nesse diretório explicitamente nomeado são ignorados.
Para resolver o problema, você precisará incluir os diretórios que possuem os arquivos efi que você não deseja que sejam carregados. No seu caso específico, isso significa adicionar EFI/Microsoft/Boot à lista dont_scan_dirs .
