Você está copiando entre dois locais no mesmo sistema. Isso desativa o algoritmo delta e reverte o rsync para ser uma implementação sofisticada de cp -a .
O sinal -H faz com que rsync tenha que manter um registro de cada arquivo com mais de um link físico para poder reconstruir os links físicos no destino. Isso aumenta o uso da memória (empiricamente, eu diria bastante), o que, por sua vez, pode exigir mais do seu sistema.
Por fim, o Cygwin rsync é consideravelmente mais lento que uma implementação nativa do UNIX / Linux. Eu não determinei se isso é porque está usando uma camada de compatibilidade no topo do Windows ou porque o sistema de arquivos é mais lento ou até mesmo por causa de algo completamente diferente. Mas é mais lento para um conjunto idêntico de arquivos no mesmo hardware.