Meu melhor palpite é que você está sofrendo de um script de autocompletar incorreto.
Eu dei uma olhada no /usr/share/bash-completion/completions/python no Debian e, até onde eu sei, ele apenas preenche automaticamente nomes de arquivos que terminam em .py , .py ou .pyo se a palavra anterior for (alguma variante de) python , ou uma opção de caractere único.
Suponho que a suposição aqui é que tudo que se parece com -X é um argumento para o interpretador, seria dado antes do comando para ser executado, e você ainda precisaria dar o nome de um roteiro. Portanto, apenas arquivos correspondentes a .py e .py[oc] são apresentados.
Você pode desabilitar completamente o autocomplemento programável com shopt -u progcomp . Uma correção mais precisa exigiria a edição do (s) script (s) de preenchimento automático.
A regra que estou vendo é esta, não tenho certeza se a interpretei completamente:
case $prev in
[...]
!(?(*/)python*([0-9.])|-?))
[[ $cword -lt 2 || ${words[cword-2]} != -@(Q|W) ]] \
&& _filedir
;;