Em geral, não, um backup de uma partição NTFS feita sob o Linux não restaurará as permissões corretamente. O NTFS pode codificar listas de controle de acesso que o Linux não suporta; a documentação do NTFS-3g fornece algumas informações sobre o que é suportado. Até onde sei, o Windows usa a ACL que o Linux não suporta, pelo menos em algumas configurações (embora talvez não nas edições "domésticas" de baixo custo).