As alterações feitas por ulimit serão aplicadas apenas aos processos atuais. Se você precisar torná-las permanentes, você deve editar /etc/security/limits.conf
Sobre a sua terceira pergunta ... depende do que você executa no seu servidor, para certos aplicativos você pode precisar de um número maior.
ulimit -n define limite mínimo, ulimit -Hn define limite máximo.