Consegui superar esse problema configurando manualmente o servidor mysql com:
runcmd:
- sudo apt-get -y install mysql-server
Qualquer pessoa com o mesmo problema provavelmente também vai querer dar uma olhada em instalar o mysql não interativamente.
runcmd:
- echo "mysql-server mysql-server/root_password password pwd" | sudo debconf-set-selections
- echo "mysql-server mysql-server/root_password_again password pwd" | sudo debconf-set-selections
- sudo apt-get -y install mysql-server
Solução publicada originalmente em aqui