Adicionar "Incluir /etc/phpmyadmin/apache.conf" leva ao seguinte erro:
[warn] A diretiva Alias em /etc/phpmyadmin/apache.conf na linha 3 provavelmente nunca corresponderá porque se sobrepõe a um Alias anterior.
ao reiniciar o Apache.
Comentá-lo novamente resolve esse problema.
De acordo com este link adicionar a linha de inclusão não deve ser necessário, pelo menos não no Ubuntu 9.04 (e presumivelmente também funciona bem no Ubuntu 12.04).
Fonte: link (comentários de Arjan Dasselaar)
Você também pode tentar renomear seu phpmyadmin.conf para um teste.