O não-determinismo tem muitas fontes, não apenas RDTSC. Por um lado, se um programa é multi-threaded, será capaz de pegar entropia de decisões de agendamento, especialmente em um sistema SMP. Se estamos falando de programas single-threaded com IPC severamente limitado, pode ser que uma prisão restritiva seja o suficiente.
Você sempre pode corrigir o kernel para corrigir a falha RDTSC. Como mencionado por @Gilles, talvez você precise desativar o ASLR também.