Você está correspondendo a uma substring, começando com "m" , opcionalmente seguido por "s" e, em seguida, seguido por um dígito < em> [0-9] .
O texto nas linhas 4,5 também contém essa subseqüência:
4 S M1 54
5 S M9 1
para que eles sejam substituídos.
Tente prefixar seu padrão com "\ s" para indicar que você está interessado apenas no prefixo da coluna # 2, assim:
sed -r 's/(\s)ms?([0-9])/XX/Ig'