tente
awk 'NR%12 == 1 { min=$5 ; line=$0; }
{ if ($5 < min) { min=$5 ;line=$0; } }
NR%12 == 0 { print line ;}
END { if (NR%12) print line ;} '
isto basicamente redefine min a cada 12 linhas (1,13,25, ...), compute min e imprima para a linha 12,24,36, ...
END instrução print last min se o número de linha não for um múltiplo de 12.
observe que você pode colocar uma linha nessa declaração, chamá-la com
awk '....' input_file.txt