Isso parece funcionar ...
Para obter os valores "manhã":
egrep ' 0[0-9]:| 1[0-1]:' transactions | sort -u -k1,1
123456 2016-07-05 08:08:00
125678 2016-07-05 09:23:54
127890 2016-07-06 10:23:00
Para obter as "noites":
egrep ' 1[2-9]:| 2[0-3]:' transactions | sort -u -k1,1
127890 2016-07-06 13:00:00
Se você quiser contá-los:
egrep ' 0[0-9]:| 1[0-1]:' transactions | sort -u -k1,1 | wc -l
3
egrep ' 1[2-9]:| 2[0-3]:' transactions | sort -u -k1,1 | wc -l
1