Você precisa salvar todas as linhas em uma matriz para poder passar por elas novamente no END{ }
. Ou, alternativamente, digitalize o arquivo duas vezes. Então, salvando todos os valores e linhas:
awk 'NR == 1 {header=$0; next} # save the header
{ lines[NR] = $0; values[NR] = $2; # save the line and 2nd field
if ($2 > max) max = $2; } # update max
END { print header; # in the end, print the header
for (i = 1 ; i <= NR ; i++) { # (we skipped line 0)
if (values[i] >= max * 0.2) # print lines where $2 was high enough
print lines[i]; } } ' file_in