você pode usar qualquer caractere como separador em sed
tente
sed -i 's:~/bpd/external/stunnix-cxx-obfus/bin:/home/test-matcher/Obfuscated_Tools/stunnix-cxx-obfus:' ...
Não sei se você precisa de /g
flag. isso é útil apenas se você quiser várias substituições na mesma linha.