Respondendo minha própria pergunta:
Eu estava tentando alguns comandos na inicialização como: mate-screensaver-command -l
mas não estava funcionando porque o protetor de tela não pôde ser executado ainda
Então eu tentei:
mate-screensaver
sleep 1
mate-screensaver-command -l
mas sem sucesso também, então descobri que o problema era que, ao iniciar o protetor de tela mate, ele não retornava até que o processo terminasse, e isso não aconteceria.
A solução final é criar um arquivo como este:
#!/bin/bash
/usr/bin/mate-screensaver&
sleep 1
/usr/bin/mate-screensaver-command -l
sleep 2
/usr/bin/mate-screensaver-command -l
sleep 3
/usr/bin/mate-screensaver-command -l
sleep 4
/usr/bin/mate-screensaver-command -l
Eu fiz o comando 4 vezes só para ter certeza absoluta de que ele irá travar, porque o comando pode falhar se o protetor de tela não foi iniciado com sucesso. Poderia haver uma abordagem mais profissional, como verificar se ele foi bloqueado com o comando mate-screensaver-command --query.
depois de salvar o arquivo, torná-lo executável em suas propriedades ou chmod e colocá-lo na inicialização, (apenas digite start on mate menu para encontrá-lo), então desative a entrada mate-screensaver nos aplicativos de inicialização como você já está iniciando neste roteiro.