rsync normalmente não tenta manter os dados mais recentes. É apenas uma alternativa para cp e scp que evita a transferência de cópias idênticas de dados locais. Você pode usar --update para manter os arquivos com os últimos carimbos de modificação, mas não funciona para diretórios e links simbólicos.
A solução mais fácil para o seu problema é garantir que os dados que você precisa sincronizar sejam idênticos nos dois computadores. Qualquer coisa diferente deve ser colocada em uma subárvore diferente. Portanto, no seu caso, basta criar MASTER link para um link simbólico intermediário fora da árvore em que você é sync ', e esse pode ser diferente em cada computador.