Por favor, poste sua tarefa de cronjob, assim como você pode ter um problema lá. O que eu também sugeriria fazer é criar um arquivo de bloqueio em algum lugar apenas tocando o arquivo em algum local que você pode verificar se existe antes de executar qualquer backup. Não tenho certeza de quão grande é o seu banco de dados, mas no meu caso, por vezes, bancos de dados são tão grandes que o processo de backup pode se sobrepor com outro já em execução, portanto, eu sempre toco como um arquivo /tmp/backup.lock e antes de executar qualquer coisa no script Eu coloquei algo como if [-e /tmp/backup.lock]; então ...
No seu caso, eu tenho certeza que você tem um erro no seu cronjob e você o executa a cada minuto a cada 4 horas ou algo assim.