O GRUB2 versão 2.0 suporta os seguintes sistemas de arquivos :
The currently supported filesystem types are Amiga Fast FileSystem (AFFS), AtheOS fs, BeFS, BtrFS (including raid0, raid1, raid10, gzip and lzo), cpio (little- and big-endian bin, odc and newc variants), Linux ext2/ext3/ext4, DOS FAT12/FAT16/FAT32, exFAT, HFS, HFS+, ISO9660 (including Joliet, Rock-ridge and multi-chunk files), JFS, Minix fs (versions 1, 2 and 3), nilfs2, NTFS (including compression), ReiserFS, ROMFS, Amiga Smart FileSystem (SFS), Squash4, tar, UDF, BSD UFS/UFS2, XFS, and ZFS (including lzjb, gzip, zle, mirror, stripe, raidz1/2/3 and encryption in AES-CCM and AES-GCM).
No entanto, eu recomendaria instalar o GRUB2 em uma partição separada no início do dispositivo, de preferência em um sistema de arquivos ext2 do Linux. É claro que seu kernel deve suportar os sistemas de arquivos escolhidos, e a configuração do sistema deve ser ajustada de acordo.