Eu usaria o Debian
Para mim, as razões são
- É bem leve, veja aqui
- É um sistema operacional universal e muitas outras distros são baseadas no Debian, então o que quer que você desenvolva no Debian. será mais fácil portar em outra distro e até mesmo outra plataforma (ARM, RISC e outras)
- Pode ser instalado sem o DE ou mesmo o X sever, por isso você não terá nenhum problema em desenvolver o seu próprio Linux DE
- Tem uma boa escolha de pacotes e gerenciador de pacotes
- É bem mantido e bastante estável
Por todas essas razões, seria minha escolha
Espero ter ajudado