Você não deve se preocupar com isso, a menos que haja muitas dependências.
Os portadores / empacotadores nas equipes sabem como lidar com dependências de tempo de execução e tempo de execução. E as ferramentas que você mencionou podem não estar instaladas em todos os sistemas (especialmente pkg-config
), mas são bem comuns e bem entendidas.
Você deve documentar as dependências e isso é tudo que essas pessoas precisam saber.