Um controlador RAID não pode alterar os uuids de suas partições. Pode, no entanto, alterar o modo como os dispositivos RAID são construídos; isto é, o que eles usam como formato no disco, como os discos são sincronizados entre si, etc. Mesmo os controladores da mesma marca não têm garantia alguma de usar o mesmo formato no disco.
Se você está inicializando a partir do RAID, mas depois as coisas falham depois de carregar o kernel, etc., isso parece significar que o novo controlador RAID usou um formato semelhante (mas não idêntico) no disco, ou menos provável) que carregar o driver e inicializar o hardware altere o modo no qual o controlador trabalha, fazendo com que ele examine os discos de uma maneira diferente. De qualquer forma, você claramente não pode usar a matriz criada com um controlador após a troca de controladores.
Se você quiser, a única maneira é colocar o controlador antigo, fazer backup de seus dados, trocar controladores, reinstalar, restaurar seus dados.