Existe alguma razão específica pela qual você deseja usar proxychains? O Firefox suporta SOCKS v4 / v5 de forma nativa (Configurações- > Avançadas- > Rede- > Configurações), portanto, não há necessidade de usar proxychains.
Com isso dito, o próprio aviso é acionado aqui , ou seja, sempre há mais de um thread em execução, ele é impresso. Como o próprio proxychains-ng é multithreaded, esse aviso é esperado e você não pode evitá-lo sem alterar o código.