Como já mencionado por Stephen Harris, você precisa usar scp , não cp .
A sintaxe mínima correta é: scp user@maschine:/path/to/source/file user@maschine:/path/to/destination/file .
Para o seu exemplo, se você estiver em sua máquina local, faça o seguinte:
scp /home/karnivaurus/file.pdf [email protected]:/homes/karnivaurus/foo