Em essência, sua pergunta é: "As senhas armazenadas na memória são seguras? ". Resumindo a resposta: você precisa confiar no sistema operacional e / ou confiar em root e / ou hardware.
De qualquer forma, no Linux, você pode fazer algumas coisas:
- Use o SELinux / Grsecurity
- Impedir o uso de
ptrace() - Transmitir em hardware físico, se possível