Entre seus outros recursos, o emacs é um gerenciador de arquivos ( M-x dired ). Embora o emacs tenha uma curva de aprendizado substancial, ele pode servir como uma ferramenta útil para o gerenciamento de arquivos (e mais ...).
Para marcar um arquivo (no sentido que eu acho que você quer dizer), você pode abrir o diretório de interesse com dired ( M-x dired ), mover para o arquivo de interesse e "marcar" o arquivo com C-x r m . Se você quiser retornar ao diretório e àquele arquivo específico mais tarde, você pode fazê-lo com C-x r b .
Você pode dar um passo adiante: os recursos de bookmarking do emacs permitem que o usuário marque não apenas um arquivo, mas também a posição no arquivo.
Provavelmente as ligações de teclas mais úteis para começar são:
C-x r m define um marcador na localização atual
C-x r b se move para o local especificado pelo marcador
C-x r l lista seus favoritos