Essencialmente, o que você fez usando mkfs.ntfs -F /dev/sdb ou o que quer que seja contra esse disco flash é que você forçou no disco flash uma partição ntfs .
O alerta que você está recebendo e este é apenas o meu palpite aqui é porque você o montou como vfat em /etc/mtab e, em seguida, forçou uma sobregravação do sistema de arquivos usando ntfs . Embora isso seja apenas especulativo.
Sempre desmonte antes de fazer qualquer alteração no sistema de arquivos para evitar esse erro.