Eles significam "torná-lo executável pelo usuário que invocará o aplicativo". Isso geralmente é o que significa "tornar um arquivo executável" quando nada mais é especificado.
Eles também dizem "certifique-se de que pertence ao git", o que torna ainda mais explícito que eles precisam que o arquivo seja executável pelo proprietário, que deve ser o usuário git
.
Daí (possivelmente com sudo
):
$ chown git pre-receive
$ chmod u+x pre-receive