Execute xprop _NET_WM_PID
ou xdotool selectwindow getwindowpid
de um terminal e clique em uma janela para ver o ID do processo que possui essa janela. (Isso funciona com frequência, mas nem sempre, consulte Qual processo criou essa janela do X11? para advertências.)
Um você tem o ID do processo (por exemplo, 1234
), ps -p 1234 -o args
ou ls -l /proc/1234/exe
informa qual comando o processo está executando. A partir daí, dpkg -S /path/to/command
informa a você qual pacote fornece esse comando.