Eu descobri o culpado. Fazendo cat /proc/acpi/wakeup e desabilitando os dispositivos *enabled um por um (usando, por exemplo, sudo echo 'DEVABBRV' > /proc/acpi/wakeup , onde DEVABBRV é a abreviação do dispositivo listada na saída cat acima), verifica-se que LID0 é acordar a máquina "prematuramente".
Isso talvez se deva a algum sensor de hardware proprietário não padrão na tampa. Desativar o recurso de ativação para LID0 (que pode se tornar permanente incluindo echo 'LID0' > /proc/acpi/wakeup to /etc/rc.local ) torna rtcwake e, em particular, sudo rtcwake --seconds 120 --mode mem , função conforme o esperado.
No entanto, o problema ainda permanece sem solução para meu caso de uso específico (com o script no link ), pois rtcwake < em> não acorde a máquina quando executada nesse script.