O NetworkManager ganhou suporte para a ligação recentemente. Eu duvido que você espere que você carregue o módulo manualmente.
Há uma minoria de tutoriais que não dizem para você carregar o módulo, então eu me pergunto sobre o script ifenslave ... hah.
Do pacote Debian 8, arquivo ifenslave.pre-up:
add_master()
{
# Return if $BOND_MASTER is already a bonding interface.
[ -f "/sys/class/net/$BOND_MASTER/bonding/slaves" ] && return
# If the bonding module is not yet loaded, load it.
if [ ! -r /sys/class/net/bonding_masters ]; then
modprobe -q bonding
fi