Encontrou o problema. A opção autoconf do plugin reportou este erro:
[root@linuxbox ~]# /usr/share/munin/plugins/mysql_ autoconf
no (DBI connect('mysql;mysql_connect_timeout=5','root',...) failed: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO))
Então percebi que /etc/munin/plugin-conf.d/munin-node
estava faltando a configuração do plugin mysql:
[mysql*]
user root
group wheel
env.mysqladmin /usr/bin/mysqladmin
env.mysqlopts -umunin -pp4ssw0rd
onde munin é o usuário do MySQL (com senha p4ssw0rd ) que busca os dados do servidor MySQL.
Depois que isso foi implementado, o plug-in começou a funcionar.
Editar: pode ser necessário verificar se /etc/munin/plugin-conf.d/mysql.conf
contém as credenciais corretas também.