ATOM 9996 CG GLU 622 -13.525 -7.714 -11.215 0.0136 1.9080 0.1094
ATOM 9997 2HG GLU 622 -12.773 -7.608 -11.999 -0.0425 1.4870 0.0157
ATOM 9998 3HG GLU 622 -13.121 -8.370 -10.441 -0.0425 1.4870 0.0157
ATOM 9999 CD GLU 622 -14.803 -8.348 -11.783 0.8054 1.9080 0.0860
ATOM 10000 OE1 GLU 622 -15.541 -9.019 -11.024 -0.8188 1.6612 0.2100
ATOM 10001 OE2 GLU 622 -15.105 -8.223 -12.988 -0.8188 1.6612 0.2100
ATOM 10002 C GLU 622 -13.072 -4.215 -9.499 0.5366 1.9080 0.0860
ATOM 10003 O GLU 622 -13.537 -3.437 -10.330 -0.5819 1.6612 0.2100
ATOM 10004 N TYR 623 -12.988 -3.858 -8.210 -0.4157 1.8240 0.1700
ATOM 10005 H TYR 623 -12.684 -4.551 -7.536 0.2719 0.6000 0.0157
ATOM 10006 CA TYR 623 -13.410 -2.540 -7.700 -0.0014 1.9080 0.1094
ATOM 10007 HA TYR 623 -13.794 -1.927 -8.513 0.0876 1.3870 0.0157
ATOM 10008 CB TYR 623 -14.530 -2.720 -6.667 -0.0152 1.9080 0.1094
ATOM 10009 2HB TYR 623 -14.107 -3.312 -5.863 0.0295 1.4870 0.0157
ATOM 10010 3HB TYR 623 -14.784 -1.738 -6.265 0.0295 1.4870 0.0157
ATOM 10011 CG TYR 623 -15.831 -3.390 -7.081 -0.0011 1.9080 0.0860
ATOM 10012 CD1 TYR 623 -16.301 -3.357 -8.410 -0.1906 1.9080 0.0860
Como visto no formato acima, as linhas após 10000 ATOM são mostradas com um deslocamento de espaço. Como posso especificamente remover apenas um espaço antes da segunda coluna no arquivo após o número de linha 10000?
A saída de Tho deve ser como:
ATOM 9995 3HB GLU 622 -14.203 -5.702 -11.411 -0.0173 1.4870 0.0157
ATOM 9996 CG GLU 622 -13.525 -7.714 -11.215 0.0136 1.9080 0.1094
ATOM 9997 2HG GLU 622 -12.773 -7.608 -11.999 -0.0425 1.4870 0.0157
ATOM 9998 3HG GLU 622 -13.121 -8.370 -10.441 -0.0425 1.4870 0.0157
ATOM 9999 CD GLU 622 -14.803 -8.348 -11.783 0.8054 1.9080 0.0860
ATOM 10000 OE1 GLU 622 -15.541 -9.019 -11.024 -0.8188 1.6612 0.2100
ATOM 10001 OE2 GLU 622 -15.105 -8.223 -12.988 -0.8188 1.6612 0.2100
ATOM 10002 C GLU 622 -13.072 -4.215 -9.499 0.5366 1.9080 0.0860
ATOM 10003 O GLU 622 -13.537 -3.437 -10.330 -0.5819 1.6612 0.2100
ATOM 10004 N TYR 623 -12.988 -3.858 -8.210 -0.4157 1.8240 0.1700
ATOM 10005 H TYR 623 -12.684 -4.551 -7.536 0.2719 0.6000 0.0157
ATOM 10006 CA TYR 623 -13.410 -2.540 -7.700 -0.0014 1.9080 0.1094
ATOM 10007 HA TYR 623 -13.794 -1.927 -8.513 0.0876 1.3870 0.0157
ATOM 10008 CB TYR 623 -14.530 -2.720 -6.667 -0.0152 1.9080 0.1094
ATOM 10009 2HB TYR 623 -14.107 -3.312 -5.863 0.0295 1.4870 0.0157
ATOM 10010 3HB TYR 623 -14.784 -1.738 -6.265 0.0295 1.4870 0.0157
ATOM 10011 CG TYR 623 -15.831 -3.390 -7.081 -0.0011 1.9080 0.0860
ATOM 10012 CD1 TYR 623 -16.301 -3.357 -8.410 -0.1906 1.9080 0.0860
Usando sed :
sed '/ATOM *10000/,$ s/ATOM \( *\)\([0-9]*\)/ATOM/'
Ele usa um intervalo de endereços, de /ATOM *10000/ a $ , que corresponde à primeira linha correspondente a espaços ATOM + + 10000 e à última linha, respectivamente.
Para cada linha no intervalo de endereços, ela substitui o ATOM seguido por espaços, o número por tudo ATOM, espaços sem o primeiro e o número.
Existem muitas maneiras de fazer isso. Você pode ler o arquivo e remover o espaço em todas as linhas depois de cujo segundo campo for maior que 9999:
$ awk '$2>9999{sub(/ /,"")}1;' file
ATOM 9996 CG GLU 622 -13.525 -7.714 -11.215 0.0136 1.9080 0.1094
ATOM 9997 2HG GLU 622 -12.773 -7.608 -11.999 -0.0425 1.4870 0.0157
ATOM 9998 3HG GLU 622 -13.121 -8.370 -10.441 -0.0425 1.4870 0.0157
ATOM 9999 CD GLU 622 -14.803 -8.348 -11.783 0.8054 1.9080 0.0860
ATOM 10000 OE1 GLU 622 -15.541 -9.019 -11.024 -0.8188 1.6612 0.2100
ATOM 10001 OE2 GLU 622 -15.105 -8.223 -12.988 -0.8188 1.6612 0.2100
ATOM 10002 C GLU 622 -13.072 -4.215 -9.499 0.5366 1.9080 0.0860
ATOM 10003 O GLU 622 -13.537 -3.437 -10.330 -0.5819 1.6612 0.2100
ATOM 10004 N TYR 623 -12.988 -3.858 -8.210 -0.4157 1.8240 0.1700
ATOM 10005 H TYR 623 -12.684 -4.551 -7.536 0.2719 0.6000 0.0157
ATOM 10006 CA TYR 623 -13.410 -2.540 -7.700 -0.0014 1.9080 0.1094
ATOM 10007 HA TYR 623 -13.794 -1.927 -8.513 0.0876 1.3870 0.0157
ATOM 10008 CB TYR 623 -14.530 -2.720 -6.667 -0.0152 1.9080 0.1094
ATOM 10009 2HB TYR 623 -14.107 -3.312 -5.863 0.0295 1.4870 0.0157
ATOM 10010 3HB TYR 623 -14.784 -1.738 -6.265 0.0295 1.4870 0.0157
ATOM 10011 CG TYR 623 -15.831 -3.390 -7.081 -0.0011 1.9080 0.0860
ATOM 10012 CD1 TYR 623 -16.301 -3.357 -8.410 -0.1906 1.9080 0.0860
Como alternativa, você pode alinhar tudo:
$ perl -lane 'printf "%-5s%6s %-3s%4s%5d%8s%8s%8s%8s%8s\n",@F' file
ATOM 9996 CG GLU 622 -13.525 -7.714 -11.215 0.0136 1.9080
ATOM 9997 2HG GLU 622 -12.773 -7.608 -11.999 -0.0425 1.4870
ATOM 9998 3HG GLU 622 -13.121 -8.370 -10.441 -0.0425 1.4870
ATOM 9999 CD GLU 622 -14.803 -8.348 -11.783 0.8054 1.9080
ATOM 10000 OE1 GLU 622 -15.541 -9.019 -11.024 -0.8188 1.6612
ATOM 10001 OE2 GLU 622 -15.105 -8.223 -12.988 -0.8188 1.6612
ATOM 10002 C GLU 622 -13.072 -4.215 -9.499 0.5366 1.9080
ATOM 10003 O GLU 622 -13.537 -3.437 -10.330 -0.5819 1.6612
ATOM 10004 N TYR 623 -12.988 -3.858 -8.210 -0.4157 1.8240
ATOM 10005 H TYR 623 -12.684 -4.551 -7.536 0.2719 0.6000
ATOM 10006 CA TYR 623 -13.410 -2.540 -7.700 -0.0014 1.9080
ATOM 10007 HA TYR 623 -13.794 -1.927 -8.513 0.0876 1.3870
ATOM 10008 CB TYR 623 -14.530 -2.720 -6.667 -0.0152 1.9080
ATOM 10009 2HB TYR 623 -14.107 -3.312 -5.863 0.0295 1.4870
ATOM 10010 3HB TYR 623 -14.784 -1.738 -6.265 0.0295 1.4870
ATOM 10011 CG TYR 623 -15.831 -3.390 -7.081 -0.0011 1.9080
ATOM 10012 CD1 TYR 623 -16.301 -3.357 -8.410 -0.1906 1.9080
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