Você pode usar bash globbing para combinar várias pastas. Algo como:
rm ./Folder/*/Log/*
Ou talvez ainda melhor:
rm ./Folder/Sub*/Log/*
O segundo removerá todos os arquivos dentro do diretório Log dentro de um diretório que começa com Sub . Você pode adicionar -r (recursivo) ou -f (força) ao seu comando rm , se necessário.
Para mais informações sobre bash globbing, você pode ver outra das minhas respostas: É possível especificar um caminho no qual um nome de diretório é variável?
Embora isso responda diretamente à sua pergunta, convém usar o logrotate para gerenciar arquivos de log antigos: link