Se você quiser ter certeza de que o cron não executará algo que irá interferir ou causar problemas durante a atualização, pare temporariamente o daemon do cron antes do upgrade e inicie-o novamente depois.
Exatamente como você faz isso depende do seu sistema. por exemplo. em um sistema sysvinit , você usaria /etc/init.d/cron stop e /etc/init.d/cron start . Se usar systemd , você usaria systemctl stop cron.service e systemctl start cron.service