Isso provavelmente não é possível. Quando o processo perde a conexão com o servidor X, ele normalmente limpa todos os seus dados internos associados à GUI. Não é necessário, mas isso requer um esforço significativo por parte do programador (eles teriam que trabalhar em torno das bibliotecas padrão). A maioria dos programas não oferece uma opção para abrir uma nova janela da GUI se a existente tiver sido fechada.
Se você tem medo de que sua conexão seja instável, use xpra como um proxy entre o aplicativo e o servidor X . O Xpra cria uma camada de isolamento entre o aplicativo e o servidor que permite que o aplicativo seja movido de um servidor para outro; Ele faz para aplicativos GUI o que o Screen faz para aplicativos em modo texto. O Xpra deve ser usado ao iniciar o aplicativo, no entanto; depois é tarde demais.