Atualmente, uso Vagrant e Puppet junto com o padrão ISO debian com CM disponível aqui:
Parece ser uma distribuição básica do Debian, mas com alguns requisitos adicionais, como a autenticação ssh-key.
Eu gostaria de fazer algo semelhante, mas mais altamente especializado para os meus gostos específicos, instalar o PHP com o patch Suhosin, o OpCache, bem como desativar serviços como o spooler da impressora ou o que você tem.
Como eu começo mesmo? Como eu pego uma instalação padrão do Debian, rasgo as partes que não quero, adiciono alguns itens essenciais extras e os empacoto como ISO para fácil instalação na nuvem, VMs locais ou algo como o Vagrant?
Eu percebo que o último requisito é algo adicional para construir um ISO.
Para personalizar os pacotes que vêm instalados com sua distro, você pode usar aplicativos como Remastersys e live-magic.
Eles permitem clonar a distribuição existente ou usar um assistente para configurar uma nova.
Um rápido google da distro personalizada da Debian apareceu este artigo (entre outros) que parece estar cobrindo o básico: