Supondo que você quis dizer arquivos contêineres ...
A desvantagem desses contêineres é que sua sobrevivência depende do sistema de arquivos externo. Arquivos grandes geralmente acabam usando vários fragmentos; Se você perder o sistema de arquivos externo para qualquer tipo de corrupção, você não poderá recuperar os contêineres, mesmo se os dados brutos desses contêineres ainda estiverem intactos. Sem saber onde os fragmentos individuais estão localizados, você está olhando para um quebra-cabeça insolúvel. (Encontrar o cabeçalho LUKS nos dados brutos só lhe dará a primeira parte.)
Isso não é para mencionar bugs ou acidentes em que esses arquivos contêineres podem ser excluídos ou truncados ... o que geralmente não é possível recuperar.
Além disso, todas as gravações são passadas pelo sistema de arquivos externo, o que pode impactar um pouco o desempenho.
Existem alternativas melhores, como o LVM, que permite criar volumes de tamanhos arbitrários, sem fragmentação, e mantém backups e histórico de metadados, portanto, mesmo que você perca um volume lógico de alguma forma, você tem algumas chances de recuperação.
Besides making a backup of the header, what should I do to make sure the files in the LUKS container will always be accessible?
filefrag pode informar o o que é onde de arquivos individuais ... se você for fazer o backup do cabeçalho, também pode querer fazer backup de suas tabelas de partições e usar filefrag para obter uma lista das extensões do arquivo físico para recuperação manual ...