Quando o NetworkManager é iniciado e não encontra conexão para um dispositivo, ele pode criar uma conexão na memória como você viu. A configuração "no-auto-default" desabilita esse comportamento. Veja 'man NetworkManager.conf'. Provavelmente você tem essa configuração no lugar. Note que há também um pacote NetworkManager-config-server que fornece tal configuração. Talvez você tenha instalado?
Observe que o NM cria essas conexões auto-padrão para que você possa iniciá-lo em um sistema sem configuração e ele ativaria sua rede. Normalmente você não usa isso em sistemas regulares e, em vez disso, configura uma conexão persistente. Se você modificar a conexão, ela se tornará persistente e armazenará em disco.
Se você disser que os nomes de seus dispositivos podem mudar, nesse caso, você deve desmarcar "connection.interface-name" para que essa conexão se aplique a qualquer dispositivo. Veja 'man nm-settings'.
E se você estivesse insatisfeito com a conexão do instalador, você poderia apenas modificá-lo em vez de excluí-lo (nmcli connection modify $ name connection.auto-connect yes).