O problema específico com o sqlite é um problema temporário com uma atualização incorreta que chegou aos repositórios. (O feedback negativo do QA chegou tarde demais depois de vários testadores já terem dado sua aprovação.) Há uma atualização mais recente no teste que deve corrigir o problema.
Isso deve resolver seu problema imediato; Não tenho certeza se você precisa de uma resposta mais geral ou não - infelizmente, acho que a resposta geral é muitas vezes "bem, você não pode, realmente ... quando o repositório de atualização está em um estado incoerente, não há muito a ser feito." Se você realmente quer cavar (se, por exemplo, um sério problema de segurança estivesse em jogo), você poderia ignorar o DNF e usar o rpm diretamente (pelo menos até que o problema esteja em uma dependência de RPM em si).