Você não pode alterar a frase secreta, mas pode descriptografar e criptografar novamente:
gpg --decrypt file.txt.gpg | (gpg -c > tmp.gpg && mv tmp.gpg file.txt.gpg)
Você não deve redirecionar diretamente para o arquivo criptografado (ele ainda precisa ser descriptografado) e o &&
garante que o mv
não seja executado, a menos que a criptografia seja bem-sucedida.
O texto acima solicitará uma senha para sua senha de descriptografia e duas vezes para a criptografia.